Kysymys:
Mitkä työkalut mahdollistavat merimallien NetCDF-tuotoksen nopean vertailun?
ZZZ
2014-04-16 22:39:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kirjoitan omia MATLAB-skriptejäni suurimman osan mallien tulosten visualisoinnista ja tietojen analysoinnista. Ihmettelen, onko olemassa nopeampi tapa visuaaliseen vertailuun eri valtamerien mallintamisjärjestelmistä saatujen simulointitulosten suhteen. Onko olemassa (mieluiten ilmaista) ohjelmistopakettia, joka toimii CF ( Climate and Forecast Metadata Conventions) -yhteensopivan NetCDF-mallilähdön kanssa suoraan tai tarvitaanko aina koodausta?

@bhf ah, kiitos. Näyttää siltä, ​​että se on tällä hetkellä ilmastotieteeseen liittyvä asia, mutta jos se voisi levitä muille valtameren ja ilmakehätieteiden alueille, se voi olla vain hyvä asia ...
Älä kysy ostoksia / suosituksia koskevia kysymyksiä täällä. Kokeile [softwarerecs.se]
Olen eri mieltä siitä, että tämä on yksi ohjelmistosuosituksista - kattava kysymys ei ole niinkään "mitä ohjelmistoja minun pitäisi käyttää" kuin "Mikä on nopea ja helppo tapa verrata näitä merentutkimusaineistoja". Uskon, että jos kysymystä muokattaisiin painopisteen muuttamiseksi sinänsä, se olisi melko selvästi voimassa tässä. Se * voi olla hieman leveä, mutta mielestäni se voidaan korjata pienellä muokkauksella - ehkä esimerkki ratkaistavasta ongelmasta.
Seitsemän vastused:
#1
+19
BHF
2014-04-22 10:33:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nopeaan visuaaliseen vertailuun käytän Cube Browser - tai ncview -sovellusta komentorivityökalun, kuten Climate Data Operators -ominaisuuden kanssa. Nizzan näköisen grafiikan (ja animaatioiden) nopeaan tuottamiseen Panoply tekee todella hyvää työtä. Jatka analysointia tai erikoisgrafiikkaa noudattamalla lähestymistapaa ja komentosarjaa esimerkiksi MATLAB, Python (esim. Iris kanssa), IDL, R, ncl tai mitä tahansa ympärilläsi olevia ihmisiä käyttävät.

#2
+17
Deditos
2014-04-17 02:55:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

NetCDF: n kirjoittajat, UNIDATA, ylläpitävät melko laajaa luetteloa visualisointiohjelmista netCDF-verkkosivustolla. Oletettavasti mainitaan jopa masokistisen Excel-apuohjelma.

Vuosien varrella olen havainnut, että Ferret on luotettava CF-yhteensopivien tiedostojen (ja yhteensopimattomien) kanssa. ykkösiä) ja hyödyllisiä interaktiivisille pika-ilmeille ja yksinkertaisille manipulaatioille. Se ymmärtää esimerkiksi CF: n suositteleman UDUNITS-aikamuodon ja käyttää muuttujiin automaattisesti scale_factor - ja add_offset -attribuutteja. On varmasti nopeampi saada jotain näytölle kuin Python / R / Matlab-reitti, jonka tavallisesti käytän esityksen ja julkaisun laatutontteihin.

Jos haluat enemmän GUI-tyyppistä katsojaa, olen kuullut hyviä asioita Panoplysta, vaikka minun on myönnettävä, etten ole koskaan käyttänyt sitä itse.

Kiitos, että osoitit ohjelmistoluetteloon. Löysin, että [ncBrowse] -palvelulla (http://www.epic.noaa.gov/java/ncBrowse/) on helpoin kohta ja napsauta -käyttöliittymä kokeiltavien joukossa.
#3
+12
milancurcic
2014-04-23 08:52:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Toisen ncview -sivustoni, kun katson nopeasti NetCDF-tiedostoja.

Suosittelen myös kokeilemaan Unidatan Integrated Data Viewer (IDV) -sovellusta. Se sopii erinomaisesti geofysikaalisten kenttien peittämiseen 3D-lähteissä eri lähteistä. NetCDF: n lisäksi se tukee monia muita formaatteja. Sen mukana tulee myös esiladattu luettelo erilaisista havainnointi- ja mallitietovarastoista THREDDS: n ja OpenDAP: n kautta. IDV: n avulla voit myös määrittää toiminnot ja operaatiot eri ruudukkojen tai projektioiden kenttien välillä. Huomaa, että IDV ei mielestäni ole hyvä vakavaan analyysiin, mutta soveltuu paremmin aineistojen tutkimiseen visuaalisesti.

#4
+11
Matteo De Felice
2014-04-22 12:29:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Normaalisti käytän seuraavia ohjelmistoja NetCDF-tiedostojeni nopeaan tarkasteluun:

  1. NASA Panoply ( Panoply netCDF, HDF ja GRIB Data Viewer): java-pohjainen , erittäin hyvä avaamaan HDF, NetCDF, GRIB ...
  2. CDO toimii varjostettuna, ääriviivana jne. (erittäin yksinkertainen, mutta hyödyllinen komentoriviltä)
  3. MATLAB ja R niiden perustoiminnot
#5
+11
ivica
2014-04-23 12:04:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Lisää vain näkemykseni;

  1. ncks: n avulla voit tehdä monia asioita, eli erottaa, getratio, purkaa muuttujia, leikata ulottuvuus jne.
  2. Jos haluat tehdä joitain binääritoimintoja netcdf-tiedostot harkitsevat ncbo: ta. Suurille tiedostoille haluan ensin leikata haluamani, se opendap kauko.
  3. Hate matlab, joten muutin NCL (NCAR) -sovellukseen, joka on suoraan eteenpäin ja jolla on jo monia komentosarjoja valmiina useimpiin yleisiin malleihin. Ei tarvitse kertoa, että se tuottaa julkaisun laatulukuja;)
  4. Pythonin lib: ssä on osa (pyNGL), sama syntaksi, joten kun ncl: n tuntevat, sitä on helppo käyttää myös pythonissa muille muodoille, kuten grib, hdf, ...
#6
+6
arkaia
2015-01-27 02:30:16 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Matlabia käyttämällä voit tehdä ncgeodataset ( http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset) ottaaksesi netcdf-näytteen tarvitsematta ladata suuria aineistoja.

Esimerkiksi

  nc = ncgeodataset ('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd -GLOB-G1SST_OI.ncml '); gvar = nc.geovariable ('analysoitu_sst'); s.time = {'20. toukokuuta-2012', '24-toukokuu-2012 '}; s.lat = [40 41,5]; s.lon = [0 2,0]; ala = gvar.geosubset (s); % Subset method pcolor (sub.grid.lon, sub.grid.lat, double (purista (sub.data (1,:,:))) - 273,15);  
#7
+4
Neo
2014-04-16 22:47:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Vaikka en tiedä valtamerimallinnuksen erityispiirteitä, ellei ole olemassa "standardia", johon solmut on järjestetty ja kirjoitettu (eli X, Y, Z), tarvitaan aina koodaus. Lisäksi datatiedoston kirjoittamistapa riippuu aina siitä, miten mallin tehtävät delegoidaan prosessorille: Onko malli suunniteltu suoritettavaksi henkilökohtaisella tietokoneella vai Beowulf-klusterilla?

Saatat pystyä käyttämään jotain, kuten OpenDx, vertaamaan valtamerien mallintamistuloksia, vaikka luulen silti, että nopea python-komentosarja olisi kaikkien tietotyyppien oikea muotoilu .

Luulen, että netcdf pyrkii olemaan kyseinen standardi ... mutta ohjelmistotoimittajien keskuudessa se näyttää olevan vielä rajallinen.
@SimonW, Luulen, että CF pyrkii olemaan metatietostandardi maapallotieteen muuttujille. NetCDF on enemmän sisältö-agnostinen säiliömuoto.
@defitos ei ole oikeastaan ​​agnostinen, koska he ehdottavat CF: n käyttöä


Tämä Q & A käännettiin automaattisesti englanniksi.Alkuperäinen sisältö on saatavilla stackexchange-palvelussa, jota kiitämme cc by-sa 3.0-lisenssistä, jolla sitä jaetaan.
Loading...